אגף הביטחון אחראי על ביצוע אבטחת מוסדות החינוך בהתאם לנוהלי משרד החינוך ומשטרת ישראל.

 אבטחת מוסדות החינוך מתבצעת בעזרת מאבטחי חברת אבטחה המוכשרים לאבטחת מוסדות חינוך וכן בעזרת סיירי הביטחון וקב"ט מוסדות חינוך של המועצה.

 במוסדות החינוך קיים מערך של מרכיבי ביטחון הכולל מכשירי קשר, גדרות ושערים,תיקי עזרה ראשונה, פנסים, אלונקות, אפודות זיהוי לצוות חירום ולחצני מצוקה המחוברים למוקד משגב.

 אגף הביטחון מבצע הכשרות לתלמידי מוסדות החינוך סגלי ההוראה, הגננות, המטפלות ועובדים אחרים במגוון נושאים כגון טיפול בחפץ חשוד, כיבוי אש ועזרה ראשונה.

 אגף הביטחון אחראי על ביצוע תרגילי חירום בבתי הספר , לפחות שני תרגילים בשנה בהתאם להנחיות משרד החינוך.