אגף הביטחון אחראי על הכנת תכנית המל"ח (משק לשעת חירום) ןהפס"ח (פינוי, סעד, חללים) של המועצה במטרה לאפשר אורך חיים תקין עד כמה שניתן במקרה של הכרזה על מצב חירום לאומי או אזורי כתוצאה ממלחמה או מאסון טבע בקנה מידה גדול.

אגף הביטחון אחראי על כ - 250 המקלטים הציבוריים הנימצאים בישובי המועצה ומתקניה ומבצע סבב אחזקה פעם ברבעון ועל פי הצורך.

האגף מבצע רכישה ואחזקה של ציוד יעודי למקלטים המאוחסן במחסן החירום של המועצה ומסופק על פי הנחיות פיקוד העורף לכל מקלט ומקלט.

לאגף הביטחון יכולת קליטת 800 מפונים ל - 24 שעות על בסיס בתי הספר וציוד יעודי שנרכש ומאוחסן במחסן החירום הכולל מזרונים, שמיכות, כלי אוכל, גנרטורים, ציוד סניטציה וכו`. 

לאחרונה החליטה ממשלת ישראל על חובת הצבת מערכת טיהור אב"כ בכל הממדי"ם החדשים שיבנו.